Die Wieder- und Neugründung von Klöstern nach der Säkularisation 1803 lag König Ludwig I. von Bayern besonders am Herzen. Seine Vorliebe galt den Benediktinern, die er in seiner Haupt- und Residenzstadt ansiedeln wollte.
Dazu kam durch die stetig anwachsende Einwohnerzahl die Notwendigkeit einer Neuorganisation der Münchener Pfarreien. Mit Sankt Bonifaz als Abtei und Pfarrei in der neuen Maxvorstadt konnte König Ludwig beide Aspekte verwirklichen.
Mehr noch - in Kirche und Kloster von Sankt Bonifaz - und dem sich anschließenden Kunstausstellungsgebäude am Königsplatz, der heutigen Staatliche Antikensammlung, realisierte der König architektonisch den Dreiklang von Kirche, Wissenschaft und Kunst, der seiner Vorstellung von der Religion als Quelle aller Kunst entsprach. Deshalb bestimmte er Sankt Bonifaz auch zu seiner Grablege.
Die alte Basilika Sankt Bonifaz wurde ganz im Stil der Neoromanik errichte. Durch die fast völlige Zerstörung des Gotteshauses im Zweiten Weltkrieg wandelte sich das Gesicht der neuen Basilika hin zu einem modernen Zentralbau, in dem der Altar Zentrum und Mitte der Kirche bildet.