Pater Johannes, mit bürgerlichem Namen Claudius Josef, wird 1969 in Mosbach geboren. 1988 macht er in Mosbach am Nicolaus-Kistner-Gymnasium das Abitur. Im Krankenhaus Vinzentinum bei den Barmherzigen Schwestern in Ruhpolding absolviert er von 1988 bis 1990 seinen Zivildienst. Katholische Theologie an der Ludwig-Maximilians-Universität in München mit dem Schwerpunkt Religionspädagogik und Sozialethik studiert Claudius Eckert ab 1990. 1993 tritt er in Sankt Bonifaz ein. Im Bereich Bildungsmanagement erwirbt er sich u.a. mit Praktika bei der BMW AG in München Zusatzqualifikationen.
In Andechs begleitet er seit 1995 die Exerzitien für Manager in Andechs und macht sich auch als Berater im Bereich Ethikmanagement bei zahlreichen Unternehmen einen Namen. Seine feierliche Profess legt er am 21. Juli 1998 auf dem Heiligen Berg Andechs ab. Ein Jahr später wird Frater Johannes mit einer Dissertation in Zusammenarbeit mit der BMW AG über das Thema: „Dienen statt Herrschen. Unternehmenskultur und Ordensspiritualität: Begegnungen - Herausforderungen – Anregungen“ zum Doktor der Theologie promoviert. Die Doktorarbeit erscheint 2000 im Verlag Schäffer - Poeschel in Stuttgart.
Am 23. Juli 2003 wählen die Mönche Pater Johannes Eckert zum Abt von Sankt Bonifaz in München und Andechs. Die Weihe erhält Abt Johannes am 2. Oktober 2003, dem Fest der heiligen Schutzengel und Patronatstag der Bayerischen Benediktinerkongregation, durch den Münchner Erzbischof Friedrich Kardinal Wetter. Als Wahlspruch für seinen äbtlichen Dienst wählt Abt Johannes Eckert einen Vers aus dem vierten Kapitel der Benediktsregel „Diligere ex toto corde“ - aus ganzem Herzen lieben.
Seine vordringliche Aufgabe sieht Abt Johannes in der Festigung der klösterlichen Gemeinschaft nach innen. Intensiv begleitet er die Interessenten am klösterlichen Leben. Als Novizenmeister liegt ihm sehr an der umfassenden Einführung der Postulanten und Novizen in die benediktinische Lebensweise.
Gleichzeitig nimmt er sich Zeit und pflegt, über die Grenzen von Konfessionen und Religionen hinweg, einen vertrauensvollen und offenen Dialog mit allen gesellschaftlichen Gruppen, die mit den Häusern des Klosters in München und Andechs in Beziehung stehen.
Ökonomisch betreibt Abt Johannes mit seinen Mitbrüdern erfolgreich ein nachhaltiges und organisches Wachstum der Wirtschaftsbetriebe im Kloster Andechs. Besonders achtet er auf die Pflege der klösterlichen Premium-Marken. Dies geschah nicht immer unangefochten. Bis zum Bundesgerichtshof (BGH) ging das Kloster im Markenstreit und hat letztlich Recht bekommen. Zu Gunsten des Klosters fällte der BGH 2008 und 2009 wichtige Entscheidungen. Diese höchstrichterlichen Urteile beenden die jahrelange Auseinandersetzung um die Marke „Der Andechser“ und die Firmierung „Kloster Andechs“ zugunsten des Klosters. In vollem Umfang bestätigt der BGH das Kloster als rechtmäßigen Eigentümer seiner Namens- und Markenrechte. Wo „Kloster Andechs“ draufsteht, steht also das Kloster Andechs auch dahinter.
Auch als Vorsitzender des Aufsichtsrats einer AG nahm Abt Johannes seinen Auftrag wahr, die Arbeit des Vorstandes zu kontrollieren und zu überwachen, was allerdings den Interessen eines Vorstandsmitglieds zuwiderlief. Er verklagte Abt Johannes auf Schadenersatz wegen Pflichtverletzung. Aber auch hier entschieden die Gerichte eindeutig und endgültig: Abt Johannes hat die richtigen unternehmerischen Entscheidungen getroffen und damit schlimmeren Schaden von Investoren abwendet.
Publikationen von Abt Johannes
Ausgewählte Publikationen von Abt Johannes sind auch an der Pforte von Sankt Bonifaz oder im Andechser Klosterladen erhältlich.