Im Zuge des Bauprojektes wurden die Klostergebäude grundlegend saniert. Durch die großzügige Hilfe vieler Unterstützer wurden elf Millionen Euro der Kosten über Zuschüsse und Fördergelder abgedeckt. Elf Millionen Euro hat die Abtei selbst aufgebracht.
Zwei Mal mussten alle Mönche im ihrem eigenen Kloster innerhalb der letzten fünf Jahre umziehen, um die Sanierung aller Gebäudeteile zu ermöglichen.
Im Zuge der Arbeiten wurden Klausur- und Gästebereich erstmals klar aufgeteilt.
Im Gästebereich wird ein Teil der Zimmer einem interreligiösen Studienkolleg zur Verfügung stehen. Träger des Kollegs ist das Institut OCCURSO für interkulturelle und interreligiöse Begegnung e.V..
Küchen- und Lagerräume wurden für die Obdachlosenarbeit grundlegend saniert.
Um den Auftrag des Stifters, König Ludwig I. von Bayern, im Blick auf Seelsorge, Wissenschaft und Bildung weiter ausfüllen zu können, sind jetzt in Sankt Bonifaz die baulichen Voraussetzungen, insbesondere im Blick auf Stiftsbibliothek, Obdachlosenhilfe und Bildungsarbeit geschaffen worden.