Hinzu kam, dass München von Beginn des 19.Jahrhunderts an schneller wuchs als je zuvor. Hatte die Stadt um 1800 noch rund 40.000 Einwohner, so waren es hundert Jahre später bereits knapp 500.000. Daher mussten auch die Münchener Pfarreien neu organisiert werden. Sankt Bonifaz als Abtei und Pfarrei in der neuen Maxvorstadt war aus dieser Sicht auch ein wichtiges Zentrum, nicht zuletzt für die Seelsorge.
In Kirche und Kloster von Sankt Bonifaz in der Münchener Karlstraße und dem sich anschließenden Kunstausstellungsgebäude am Königsplatz, der heutigen Staatlichen Antikensammlung, verwirklichte König Ludwig zudem einen architektonischen Dreiklang von Kirche, Wissenschaft und Kunst, der seiner Vorstellung von der Religion als Quelle aller Kunst entsprach. Deshalb bestimmte er St. Bonifaz auch zu seiner Grablege.
Mit der Basilika von St. Bonifaz schuf der Architekt Georg Friedrich Ziebland eine nach frühchristlichen Vorbildern gestaltete fünfschiffige Kirche mit offenem Dachstuhl: 76 m lang und 36 m breit. In ihrer prachtvollen Ausstattung galt sie als eine der schönsten modernen Kirchen ihrer Zeit. Von Ziebland stammt auch das sich nach Norden anschließende Kloster. Heinrich von Heß gestaltete das berühmte Freskenprogramm u. a. mit Szenen aus dem Leben des hl. Bonifatius.
Am 12. Oktober 1835, dem Tag der Silberhochzeit des Königs, war der Grundstein gelegt worden, die feierliche Weihe der Basilika fand am 24. November 1850 statt. König Ludwig I. hatte am 4. November die Stiftungsurkunde ausgestellt. Zum Unterhalt schenkte er St. Bonifaz das von ihm 1846 zu diesem Zweck erworbene ehemalige Kloster Andechs. Die Pfarrei St. Bonifaz wurde am 1. Dezember 1850 errichtet.
Im Zweiten Weltkrieg wurde Sankt Bonifaz durch Luftangriffe größtenteils zerstört. Von der Basilika standen 1945 nur noch die Außenmauern und 22 Säulen des südlichen Gebäudeteils. Der Architekt Hans Döllgast restaurierte bis 1950 diesen Rest mit sparsamsten Mitteln und fügte eine neue Wand als nördlichen Abschluss ein, so dass im hinteren Drittel der alten Kirche ein nunmehr fast quadratischer Gottesdienstraum entstand. Die Wunden wurden geschlossen, die Narben aber sollten sichtbar bleiben. Einen neuen Anfang wagten die Mönche dennoch.