In der Stiftungsurkunde von König Ludwig I. vom 4. November 1850 ist zu lesen:
„Wir König Ludwig von Bayern (…) haben beschlossen, eingedenk des großen Nutzens, welchen der Benedictiner-Orden seit vielen Jahrhunderten der Kirche, dem Staate, und durch seine Forschungen den Wissenschaften gebracht, in der Haupt- und Residenz-Stadt München eine (…) Abtey Sct: Bonifaz nebst Pfarrei , (…) mit dem 24. November diesen Jahres zu gründen.“
Zu diesem Zeitpunkt war bereits der Bau des Klosters bereits vollendet.
Der mit der Planung von Basilika und Kloster zwischen 1828 und 1835 beauftragte Architekt Georg Friedrich Ziebland hielt sich streng an die Weisungen König Ludwigs I. Die Basilika nach dem Vorbild frühchristlicher Basiliken sollte auch Grablege für den König werden und das Kloster eine „Heimstätte für Gotteslob und Heilige Wissenschaft“ sein.
Die Gesamtanlage ist in Verbindung mit der Architektur am Königsplatz zu sehen. Das 1845 fertiggestellte Kunstausstellungsgebäude (heutige Antikensammlung) wurde mit einer gemeinsamen Außenwand zum Kloster verbunden.
Die romantische Idee von König Ludwig I. – ein harmonischer Dreiklang von Religion, Wissenschaft und Kunst – wurde hier verwirklicht.
Während des Zweiten Weltkrieges wurden die Klosteranlage und Basilika mehrfach durch Bombenschäden zu großen Teilen zerstört. Die Basilika wurde teilweise wieder aufgebaut.
Das Kloster wurde in den Kriegs- und Nachkriegsjahren zwischen 1943 und 1947 nur notdürftig saniert. Seither wurden im Bereich des Klosters selbst keine wesentlichen baulichen Maßnahmen durchgeführt.
Der Sanierungsstau nach über 160 bzw. 65 Jahren machte daher eine Generalsanierung der Klostergebäude unumgänglich.