Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges konnte niemand ahnen, wie bald sich an Sankt Bonifaz die Wahrheit des Leitwortes von Monte Cassino, der berühmtesten Klostergründung Benedikts, „Abgehauen blüht es erneut“, erweisen würde.
Der Gedanke eines Wiederaufbaus der Basilika in alter Größe wurde Anfang der 60er Jahre aus pastoralen und finanziellen Gründen endgültig aufgegeben. 1968 bis 1971 entstand an Stelle des zerstörten Nordteils der Basilika ein Seelsorge- und Bildungszentrum in Sichtbetonbauweise. 1971 bis 1975 wurde die Basilika renoviert und das Innere in der Folge der Liturgiereform des Zweiten Vaticanum neu gestaltet. Der Altar fand seinen Platz in der Mitte, kreisförmig umschlossen vom Chorgestühl der Mönche und den Bankreihen. 1976/77 wurde an der Nordwand ein raumbreiter Orgelprospekt aufgestellt.
1993 bis 1996 erfolgte eine abermalige Umgestaltung durch den Bildhauer Friedrich Koller und den Maler Peter Burkart. Die Mitte wurde durch einen zeltartigen Lichtkörper über dem Altar noch stärker betont. Durch den Fries farbiger Gemälde wurde die karge Architektur belebt. Zum Abschluss erhielt der Haupteingang durch Friedrich Koller ein neues Innenportal mit doppelten Flügeltüren, die die Endzeitrede aus dem Matthäusevangelium aufnehmen.
2003 bis 2006 wurde das Seelsorge- und Bildungszentrum grundlegend saniert. Als „Zentrum St. Bonifaz“ ist es Dreh- und Angelpunkt zwischen Kloster und Pfarrei und lässt zusammen mit dem Haneberghaus für Obdachlose und dem Jugendhaus St. Bonifaz deutlich werden, was P. Odilo Rottmanner bereits 1888 in einer Predigt ausgeführt hat:
„Was soll St. Bonifaz werden, sein und bleiben? Es soll nicht nur eine Stätte sein, von der aus die Geschäfte der Seelsorge, des Unterrichts und der Erziehung verrichtet werden, sondern ein Haus Gottes, das von Weisen weise verwaltet wird, ein geistiger Bau, ausgeführt aus lebendigen Steinen, bestimmt zur Erbauung der Gemeinde, eine Quelle, aus der unaufhörlich frisches und lebendiges Wasser hervorströmt…“