Die Kirchenverwaltung ist das zweite von den Gemeindemitgliedern gewählte Laiengremium. Die Mitglieder sind für die Vermögens- und Personalfragen der Gemeinde zuständig (CIC Can. 537).
Die Kirchenverwaltung besteht aus dem Pfarrer als Kirchenverwaltungsvorstand und den gewählten Mitgliedern. Die Kirchenverwaltung wählt aus ihrer Mitte eine Kirchenpflegerin oder einen Kirchenpfleger, zur Zeit Frau Dr. Ursula Bumberger-Nießlbeck.
Zu den wichtigsten Aufgaben der Kirchenverwaltung zählt die Genehmigung des jährlichen Haushaltsplanes sowie Regelung der Miet- und Personalangelegenheiten. Zu ihren Zuständigkeiten gehört ebenfalls die Sorge um die Gebäude der Gemeinde, wobei es in Sankt Bonifaz Überschneidungen mit der Abtei Sankt Bonifaz gibt.
Die Angehörigen der Kirchenverwaltung müssen auch Mitglieder der Territorialgemeinde Sankt Bonifaz sein und werden alle fünf Jahre neu gewählt.