Der Architekt Georg Friedrich Ziebland orientierte sich dabei an der Architektur des frühen Christentums, die von der römischen Markt- und Gerichtshalle geprägt war und ab der Spätantike unter dem Namen Basilika ein mehrschiffiges Kirchengebäude bezeichnete. Es entstand eine fünfschiffige, fast 80 Meter lange Kirche mit offenem Dachstuhl, die an Sankt Paul vor den Mauern in Rom erinnerte. Auch Kloster- und Ausstellungsgebäude stammen von Ziebland. Der Maler Heinrich von Heß entwarf das Freskenprogramm u. a. mit großflächigen Szenen aus dem Leben des Kirchenpatrons und Apostels der Deutschen, des hl. Bonifatius.

Am 12. Oktober 1835, dem Tag der Silberhochzeit König Ludwigs I. und Königin Thereses, fand die Grundsteinlegung statt, die Weihe von Kirche und Kloster war am 24. November 1850. Zum Unterhalt schenkte Ludwig der Abtei das von ihm zu diesem Zweck 1846 erworbene ehemalige Kloster Andechs. Die Pfarrei St. Bonifaz wurde am 1. Dezember 1850 errichtet.