Ludwigs Gemahlin Königin Therese starb am 26. Oktober 1854 in München an der Cholera. Zunächst wurde sie in der Theatinerkirche beigesetzt und 1857 nach Sankt Bonifaz überführt, wo sie in einer Gruft unter dem für König Ludwig bestimmten Sarkophag beigesetzt wurde.

Ludwig selbst starb am 29. Februar 1868 in Nizza und wurde ebenfalls in Sankt Bonifaz beigesetzt. 2002 wurde der Sarg Thereses in die Außenwand der Basilika hinter Ludwigs Sarkophag umgebettet, so dass beide nun auf gleicher Höhe liegen.

Das Stiftergrab hat für die Abtei bis heute eine große Bedeutung. Die Verbindung zum Haus Wittelsbach ist bis heute lebendig und eng. Anlässlich des 150. Todestages von König Ludwig im Jahr 2018 fanden mehrere Veranstaltungen statt.