Am 15. Dezember 1885 wurde Franz Seraph Wöhrmüller in Altötting geboren. Die Eltern stammten aus Bauernhöfen, der Vater arbeitete als Bräubursche. 1889 zog die Familie nach München, wo der Vater eine Stelle beim Augustinerbräu antrat – auf der Schwanthaler Höh und damit im Pfarrsprengel von St. Bonifaz bzw. St. Benedikt.

Über den Besuch der Benediktusschule kam er 1893 in Kontakt mit Pater Willibald Krone von St. Bonifaz, der ihm den Übertritt ins Münchener Ludwigsgymnasium und von dort in die Schule nach Metten ermöglichte. 1904 trat er in St. Bonifaz ein, wo er den Namen Bonifatius erhielt. Nach dem Studium an der Münchner Universität, Profess und Priesterweihe im Juni 1909 war er als Kaplan, Religionslehrer, Gastmeister, Novizenmeister, Stiftsprediger und Prior tätig. Nach dem Tod von Abt Gregor Danner wurde er im Juni 1919 zu dessen Nachfolger gewählt und am 20. Juli zum Abt geweiht.

Die Zeit nach dem Ersten Weltkrieg, die Jahre der Weimarer Republik, die Zeit des Nationalsozialismus und des Zweiten Weltkriegs und der Wiederaufbau prägten seine Amtszeit. Die Konzentration von Kräften und Aufgabenbereichen war dabei überlebenswichtig. St. Rupert und St. Benedikt wurden an Weltpriester übergeben, 1925 wurden die St.-Nikolaus-Anstalt in Andechs und 1933 auch die St.-Gregorius-Anstalt in Rothenfeld geschlossen. Abt Bonifaz Wöhrmüller war ein strenger und herber Mensch, zudem belastet mit einer chronischen Lungenerkrankung. Für seine schriftstellerische Tätigkeit erhielt er bereits 1922 die Ehrendoktorwürde der Theologischen Fakultät der Universität München. In seine Zeit als Abt fällt 1919 die Gründung der Chorvereinigung St. Bonifaz – vorher hatten Berufsmusiker die Gottesdienste gestaltet –, das 75jährige Gründungsjubiläum der Abtei im Jahr 1925 und die Wiederbelebung der Pfarrwallfahrt von St. Bonifaz nach Andechs mit der Feier des dortigen Dreihostienfestes.

Im Zweiten Weltkrieg mussten Abt und Konvent die sukzessive Zerstörung von Kloster und Basilika erleben: ab August 1942 die Evakuierung von Teilen der Bibliothek nach Andechs, am Aschermittwoch 1943 erste Brandbomben auf den Klosterbereich mit der Vernichtung der Bibliothek und der darin verbliebenen Bestände, am 25. April 1944 das Ausbrennen der Basilika nach dem Abwurf von Phosphorbomben und am 7. Januar 1945 die endgültige Zerstörung der Kirche und der Einsturz der Krypta, die bis dahin als Gottesdienstraum gedient hatte. Die Basilika wurde nach dem Krieg nur im hinteren Drittel wieder aufgebaut. Das erst im Mai 1951 gefeierte 100-jährige Gründungsjubiläum von St. Bonifaz erlebte er noch, am 25. Oktober desselben Jahres starb er im Alter von 65 Jahren und wurde in der neu erbauten Krypta von St. Bonifaz beigesetzt.