Während des Zweiten Weltkriegs wurde die Basilika St. Bonifaz durch Brand- und Sprengbomben nahezu völlig zerstört. Die gesamte Innenausstattung einschließlich der Fresken ging verloren, nur das hintere Drittel blieb erhalten. Deshalb entschloss sich die Gemeinschaft der Mönche nach dem Krieg, sich auf dieses Drittel zu beschränken.

Damit entstand ein fast quadratischer Raum, der in den folgenden Jahrzehnten Stück für Stück neu ausgestattet wurde: der Altar steht in der Mitte, kreisförmig umgeben vom Chorgestühl der Mönche und den Bankreihen. 1976/77 wurde an der Nordwand ein raumbreiter Orgelprospekt aufgestellt, von 1993 bis 1996 entstanden ein Fries farbiger Gemälde von Peter Burkart und der zeltartige Lichtkörper über dem Altar von Friedrich Koller, der auch die neuen Portale schuf.

In die Baulücke zwischen Kirche und Kloster war bereits Ende der 1960er Jahre ein modernes Seelsorge- und Bildungszentrum errichtet worden, das von 2003 bis 2006 grundlegend saniert wurde.