Wilhelm Zenetti wurde am 13. Mai 1821 als Sohn des Ministerialrats Johann Baptist von Zenetti und seiner Gemahlin Josephine in Speyer geboren. Er ist über seine Schwester der Urgroßonkel der beiden Politiker Hans-Jochen und Bernhard Vogel.
Bereits 1826 zog die Familie nach München, wo Wilhelm Zenetti nach dem Studium der Philosophie, der beiden Rechte und der Theologie ins Freisinger Priesterseminar eintrat. Am 1. August 1847 wurde er zum Priester geweiht. Nach der ersten Kaplansstelle in Tölz wurde er 1850 Pfarrer von Aufkirchen am Starnberger See. Im Dezember 1850 trat er zusammen mit dem späteren Abt Daniel Bonifaz Haneberg und Franz Hoffnaaß – als Benediktiner P. Odilo – als einer der ersten Novizen in St. Bonifaz ein.
Von 1853 bis 1856 war er u. a. Pfarrer von St. Bonifaz und Novizenmeister, später Prior und Leiter des Königlichen Erziehungsinstitutes. 1866 ernannte ihn König Ludwig I. zum Gründungsprior von Schäftlarn, der letzten von Ludwigs Stiftungen. Nach der Berufung Hanebergs zum Bischof von Speyer wurde er ihm August 1872 dessen Nachfolger.
Herausragende Ereignisse seine Amtszeit waren das 25-jährige und das 50-jährige Gründungsfest von Kloster und Pfarrei. 1875 hielt Bischof Bonifaz Haneberg die Festpredigt und P. Beda Stubenvoll verfasste eine Festschrift. Zur 50-Jahrfeier 1900 beschränkte man sich auf interne Aktivitäten, was vor allem Rechnungen für notwendige Restaurierungs- und Verschönerungsmaßnahmen zu diesem Anlass zeigen. Nach Außen steht das gewaltige Wachstum des Pfarrsprengels nach Westen im Vordergrund. Um 1880 gehörten bereits rund 60.000 Gläubige zum Pfarrsprengel von St. Bonifaz, eine Zahl, die ohne den Bau weiterer Kirchen nicht mehr sinnvoll betreut und versorgt werden konnte. Bereits 1878 wurde deshalb von Abt Benedikt der Grundstein für die Benediktuskirche gelegt, am 31. Oktober 1881 wurde sie durch Erzbischof Antonius von Steichele geweiht. 1881/82 folgte die Eröffnung der Benediktusschule, 1883 kam die so genannte Benediktusanstalt zur Betreuung von Kleinkindern hinzu, eine Aufgabe, die die Franziskanerinnen von Mallersdorf übernahmen. 1901 folgte die Grundsteinlegung einer weiteren Kirche im Münchener Westend, St. Rupert, die 1908 geweiht wurde. Ihre Eröffnung 1903 hatte Abt Benedikt noch selbst vorgenommen, am 18. Februar 1904 starb er und wurde in der Gruft von St. Bonifaz beigesetzt.