Erster und damit Gründungsabt ist Paulus Birker, der noch von König Ludwig I. eingesetzt wurde. 1814 in Sonthofen als Joseph Alois Birker geboren, war er 1837 zunächst in die drei Jahre zuvor neu errichtete Benediktinerabtei St. Stephan in Augsburg eingetreten. Nach der Priesterweihe 1939 kam er in das Priorat Ottobeuren, wo er Pfarrvikar, Novizenmeister, Ökonom und zuletzt Prior war, bis er 1847 als Direktor des Instituts für höhere Bildung nach Augsburg zurückkehrte.

Am 4. November 1850 wurde er von König Ludwig I. zum Abt von St. Bonifaz ernannt. Zum Gründungskonvent gehörten neben Birker zwei Patres und zwei Brüder aus Augsburg, ein Pater aus Scheyern und drei aus Metten. Im Dezember 1850 traten außerdem die ersten Novizen ein: der Universitätsprofessor Daniel Haneberg, der Weltpriester Wilhelm Zenetti (beide Nachfolger von Abt Birker) und der Theologiestudent Franz von Hoffnaass.

Birker zeichnete sich von Anfang an durch besondere Strenge und Kompromisslosigkeit aus, was das Zusammenwachsen der bunt zusammengewürfelten Mönchsgemeinschaft belastete und erschwerte. Paulus Birker trat deshalb im September 1854 von seinem Amt zurück und zog sich zunächst nach Sonthofen und später in die Abtei Disentis in Graubünden zurück. 1877 kehrte er nach St. Bonifaz zurück und betreute hier bis zu seinem Tod den klösterlichen Nachwuchs. Er starb am 29. November 1888 im Alter von 74 Jahren und wurde in der Gruft von St. Bonifaz beigesetzt.